Des dels seus inicis la Fundació Emys ha treballat per a la conservació de la natura, especialment de la tortuga d'estany (Emys orbicularis) i el seu hàbitat.
En aquesta tasca de custòdia del territori ha estat, i segueix sent, la metodologia que ha permès la protecció i l'estudi de les poblacions de tortuga d'estany de la Plana de la Selva, així com la creació de noves zones humides, i l'execució de diversos projectes de conservació i recerca. Els acords de custòdia que s'estableixen entre una entitat ambiental i un propietari són una eina bàsica per a dur a terme projectes de recuperació i protecció del medi en espais privats, amb la participació o el permís de la propietat.
Avui la Fundació Emys és un referent en la implementació de la custòdia del territori i en la conservació i gestió de zones humides.