Desde sus inicios la Fundación Emys ha trabajado para la conservación de la naturaleza, especialmente de la tortuga de estaño (Emys orbicularis) y su hábitat.
En esta labor de custodia del territorio ha sido, y sigue siendo, la metodología que ha permitido la protección y el estudio de las poblaciones de tortuga de estaño de la Plana de la Selva, así como la creación de nuevas zonas húmedas, y la ejecución de varios proyectos de conservación e investigación.
Los acuerdos de custodia que se establecen entre una entidad ambiental y un propietario son una herramienta básica para realizar proyectos de recuperación y protección del medio en espacios privados, con la participación o el permiso de la propiedad. Hoy la Fundación Emys es un referente en la implementación de la custodia del territorio y en la conservación y gestión de humedales.